Bản kết luận giám định pháp y số 363/PY ngày 04/7/2005 của Tổ chức giám định kỹ thuật hình sự Công an tỉnh Bắc Giang cho biết, cơ quan giám định dựa vào lượng thức ăn đã nguyễn còn lại trong dạ dày nạn nhân đã xác định nạn nhân chết sau bữa ăn cuối cùng khoảng 4 đến 6 giờ đồng hồ. Cơ quan điều tra hỏi bố mẹ cháu Yến cháu ăn bữa cuối cùng lúc mấy giờ thì được xác định là khoảng 12 giờ trưa cùng ngày. Từ đó xác định thời điểm cháu Yến bị giết là khoảng từ 4 giờ đến 6 giờ chiều. Mặt khác, theo lời khai chị Liễu thì khoảng 6 giờ chiều cháu Yến gọi chị về bán hàng cho ông Giang, như vậy kết hợp hai thông tin trên thì thời điểm cháu chết xê dịch cận đúng hơn là về khoảng 6 giờ (chứ không phải cận đúng về khoảng 4 giờ chiều).
Nhưng tài liệu điều tra lại ghi nhận Hàn Đức Long 6 giờ 30 mới đi ra quán xay xát, và khi đến nhà là 19 giờ 47 phút. Như thế nếu căn cứ đúng theo kết quả của cơ quan điều tra về các mốc thời gian giờ giấc thì thời điểm Long đi xay thóc thì cháu Yến đã chết rồi. Như vậy sẽ không thể kết tội được Long. Đây là điểm vô lý cho thấy kết quả điều tra mâu thuẫn vênh nhau, mặc dù vậy các cơ quan tố tụng vẫn lờ đi không nhận ra và vẫn kết tội Long.
Một điểm quan trọng khác là ngày xảy ra vụ án là ngày 26/6/2005 là một ngày mùa hè nóng nực, quãng thời gian từ 4 đến 6 giờ chiều trời còn sáng rõ, liệu tội phạm có dám gây án trong khoảng thời gian đó không? Liệu có kẻ nào bắt bế cháu bé ra giữa cánh đồng thanh thiên bạch nhật để gây án không? Đây là điểm vô lý khó chấp nhận cho thấy kết quả điều tra đã sai, không phù hợp với thực tế khách quan.