Trong vụ án này Long đã nhiều lần yêu cầu thay đổi cơ quan tiến hành điều tra lại, đề nghị cơ quan cảnh sát điều tra của Bộ công an tiến hành điều tra lại mà không để cơ quan CSĐT công an tỉnh Bắc Giang điều tra lại. Luật sư cũng đã có ý kiến như vậy gửi đi.Nhưng suốt một năm qua vụ án vẫn do cơ quan CSĐT công an tỉnh Bắc Giang tiến hành và vừa rồi sau một năm trời mới có kết luận điều tra, nhưng sau đó hồ sơ vụ án lại bị viện kiểm sát trả lại yêu cầu điều tra bổ sung.
Trong khi đó năm 2015 Quốc hội chọn chuyên đề giám sát tình hình oan sai trong tố tụng hình sự đã cho ra Nghị quyết số 96/2015/QH13 ngày 26 tháng 06 năm 2015 đưa ra một số giải pháp phòng tránh oan sai, trong đó có nội dụng về vấn đề điều tra lại:
“Căn cứ quy định của Bộ luật tố tụng hình sự, cần giao cho Cơ quan điều tra Bộ Công an thụ lý, giải quyết các vụ án mà Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hủy bản án có hiệu lực pháp luật kết án bị cáo hình phạt chung thân hoặc tử hình để điều tra lại”.
Vậy tại sao trong vụ Hàn Đức Long các cơ quan tư pháp trung ương và địa phương không căn cứ vào Nghị quyết số 96 của Quốc hội để cơ quan điều tra của Bộ điều tra lại mà vẫn để cơ quan điều tra của tỉnh làm?
Không biết vì sao các cơ quan này không làm theo hướng dẫn yêu cầu của Quốc hội, nhưng có khả năng vì Cơ quan điều tra của Bộ không muốn tiếp nhận một vụ án có nhiều vi phạm để rồi có khả năng chính họ cũng chịu bế tắc.
Có thể nói vậy vì thực tế từ vài năm trước Bộ đã có biệt phái cán bộ về tham gia cùng với điều tra viên của Công an tỉnh Bắc Giang rồi. Mặc dù có vai trò tham gia của người của bộ kết quả vẫn kết luận có tội. Nhiều điểm mờ vẫn không được làm rõ, nhiều điểm vô lý phi logic vẫn tồn tại trong hồ sơ không được giải đáp.